大学老师来答一下这个问题。
很多人以为，博士延期只是“论文没发出来”。其实，真正卡住大量博士毕业的是“失控”。
在我看来，博士阶段最危险的，是长期没人管，最终导致失去方向感。
1.
先看一下情况，新闻中大概是这样的情况，有三名同学达到最长修业年限却未能达到毕业要求，故被退学。看了一下清华具体的最长修业年限是六年。简单的说，新闻中这三名同学，博士读了多年却未能毕业，学校只能给他们退学了。
其实作为一名大学老师来看，这个情况基本每年都在博士群体里发生，并不是什么新鲜事，罕见事。因为在非义务制教育阶段都可能因为未达到毕业要求，最终导致无法毕业。
清退，这个制度几乎所有高校都有，这是一个正常高校管理框架下的制度，是对应于长期无法毕业的博士。
只是，在很多人以为能考上博士的人，不可能差到被退学，或者延期几年很正常，导师最后总会捞一下。
这里有个大误解，因为博士生培养不是“上课—考试—毕业”的线性系统，是一个高度开放、长期不确定、低反馈的科研生产系统。
只要在这个系统中，有一项失控，时间就会像漏水一样消失，有可能连续很长时间没有形成有效产出，最终心力耗竭，慢慢失去方向感，最后延毕，乃至清退。
2.
从现象层级来考虑这个事情，每一件会导致失控的因素有且不限于：伪努力、研究方向失效、导师放养、心理状态崩塌、数据长期做不出来等等。
比如，有些博士看着每天都很努力，时间花在做实验，开组会，改PPT，帮师弟师妹，处理横向项目。但这些不一定构成毕业成果。所以，博士培养里最残酷的一点是，“努力”不等于“有效科研进展”。很多人做了很长时间后才发现，实验做了几百组，真正能写进论文的数据只有两张图，这就是科研中的“低质量循环”。
比如，网上一直有声音声讨压榨型导师，但对应的，放养型导师的危害也很大。因为博士阶段最重要的是持续反馈。没有反馈，人会迅速失去科研坐标。这是组会的意义，这是导师的意义。如果一个博士，无法确定，哪条研究路线该舍弃，哪组数据没价值，哪篇论文根本发不出去，很可能学生以为自己在推进，搞了几年才发现，研究问题根本不成立。
再比如，如果在这个过程中，一直没有正反馈，而以前的同学或者身边的人又一直毕业、入职、结婚……这种长期低反馈生活，会导致博士严重的“自我怀疑累积”，最终心力耗竭。
3.
清退等于直接清零，所以有很多人对“博士清退”天然反感，我也一样。毕竟，努力了那么多年，全部白费，最后损失的不仅仅是学位。而是，年龄窗口，职业机会，以及一个人的心理状态。
但在整个高校系统中，清退是在防止培养体系失真。博士不是“无限复活赛”。博士培养资源本身就极其针对，比如导师指标、科研经费、实验平台、国家补贴、以及学位名额这些东西，并非是无限的。
很多成熟的高校也并不是说清退就清退，一般都会先提前预警。这个预警，并不是针对博士个人的，而是导师也会收到。学校会明确告诉这对师徒——你们再不快点，就没时间了。
所以，负责的学校，会持续筛查数据，比如博士生长期无论文、导师持续负反馈、培养环节有没有一直不通过等等。所以，成熟的培养机制会持续发现问题，持续纠偏。而负责的导师，也会对这些问题重视起来。
很多成熟的高校，都有一整套博士培养体系，大体会分成，开题报告，中期检查，预答辩，以及答辩等多个环节，体系上已经很完整。而中间的细微过程则是由导师自行把控，只要导师不放养，自己的学生在干嘛应该都很清楚。
所以，一般情况下，能读到博士阶段，能力上应该都是没有问题的。
只要学校和导师多给与关注和指导，防止博士进入失控阶段，其实也很难清退。
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